Enzephalitis durchläuft zwei unterschiedliche Phasen: Zwischen  2 bis 28 Tagen nach dem Zeckenstich treten zunächst Beschwerden wie Fieber, Kopf- und Gliederschmerzen auf, die denen einer ganz normalen Grippe ähneln. Nach etwa einer Woche, die meistens beschwerdefrei verläuft, kommt es dann erneut zu Fieberattacken und bei vielen der betroffenen Patienten zu Entzündungen der Nerven, des Rückenmarks, der Hirnhäute und des Gehirns. Dies führt auch häufig zu Bewusstseinsstörungen und Lähmungserscheinungen.