Tritt die Schwangerschaft in der Ruhephase eines Morbus Crohn ein, verschlimmert sich die Erkrankung in der Regel nicht. 
Der günstigste Zeitpunkt für die Familienplanung sollte mit dem betreuenden Arzt besprochen werden.
Tritt der Morbus Crohn erstmals während einer Schwangerschaft auf, ist dies kein Grund für einen Schwangerschaftsabbruch. Mit den heutigen Medikamenten oder mit einer Sondenernährung kann die Entzündung ausreichend gut unterdrückt werden.
Mesalazin oder Kortison-haltige Medikamente, wie sie bei Morbus Crohn sehr häufig eingesetzt werden, haben keine schädigende Wirkung auf das Ungeborene. Auch dem Stillen steht nichts entgegen, allerdings sollten Kortison-haltige Medikamente in der Stillphase auf eine Minimaldosis verringert werden. Medikamente wie Azathioprin oder Metronidazol sollten in der Schwangerschaft nicht eingenommen werden