Eine optimale Behandlungsform gibt es nicht. Mehrere klinische Studien haben gezeigt, dass der Verlauf einer Hepatitis-C-Infektion und das Ansprechen auf eine Interferon-Therapie vom Genotyp des Hepatitis C Virus abhängig ist. Interferon Alpha galt lange Zeit als das Medikament der Wahl zur Behandlung der chronischen Hepatitis C. Es handelt sich dabei um einen Hemmstoff der Virussynthese. Während der Virustyp 1 b besonders schlecht auf dieses Mittel reagiert, spricht der unter Drogenabhängigen weit verbreitete Typ 3 gut auf die Behandlung mit Interferon Alpha an. Allerdings können Drogenabhängige nur dann mit Interferon behandelt werden, wenn sie auf Drogenkonsum verzichten. Eine Beseitigung der Viren durch die alleinige Behandlung mit Interferon ist nicht möglich. Die alleinige Interferon-Behandlung bewirkt bei etwa 50 % der Patienten eine Normalisierung des Leberenzymspiegels. Nach Absetzen der Therapie erleiden jedoch etwa 50% dieser Patienten einen Rückfall. Patienten mit einer fortgeschrittenen Leberzirrhose sollten aufgrund der möglichen schweren Nebenwirkungen nicht mit Interferon behandelt werden.
