Die Gefahr der Hepatitis B liegt in ihren Komplikationen. Im schlimmsten Fall kann bereits in der akuten Phase die Leber massiv geschädigt werden. Dieser Verlauf, der als fulminante Hepatitis bezeichnet wird, geht mit dem Ausfall aller Leberfunktionen einher und führt nicht selten zum Tode. Eine Rettung der Patienten ist oft nur durch eine sofortige Lebertransplantation möglich.
Die akute Hepatitis B kann aber auch in eine chronische Form übergehen – die Chronifizierungsrate liegt für Erwachsene bei 5 bis 10% und für Säuglinge und Kleinkinder sogar bei erschreckenden 60 bis 90%. Die Patienten sind nicht nur eine permanente Infektionsquelle, sondern sie entwickeln oft eine Leberverhärtung (Zirrhose), auch als „Schrumpfleber" bezeichnet, oder Leberkrebs. Patienten mit „Schrumpfleber" weisen häufig eine ausgeprägte Müdigkeit auf, fühlen sich schwach und ihre Leistungsfähigkeit ist oft stark eingeschränkt. Verdauungsbeschwerden und rheumaähnliche Erscheinungen können dazukommen. Im Endstadium können eine Bauchwassersucht, Blutungen aus der Speiseröhre und Beeinträchtigung der Gehirnfunktion bis zur Bewusstlosigkeit auftreten. 1500 bis 2000 Menschen sterben in Deutschland jedes Jahr an den Folgen einer Hepatitis B.